Пироги с котятами, суп с котом – это настолько неприемлемо для человека, что если когда и возможны, то «потом». В основном, фразеологизм «суп с котом» применяется в ответ на вопрос: «Что потом?» Его появление обусловлено ироничной и смешной рифмой. Впрочем, рифм придумать можно много, а постоянный и устойчивый ответ один. Этот фразеологизм и прижился, скорее всего, именно потому, что он невозможен для человека. Вот такие «пироги с котятами».
Второе значение: При длительных осадах городов их жители, истощив все продуктовые запасы, использовали в пищу домашних животных, в последнюю очередь шли именно коты и кошки. Таким образом, это выражение означает катастрофическое положение дел.